Мужской монастырь в окрестностях Александровой слободы основан в 1594 г. неким иереем Григорием. Он построил в с. Игнатьеве церковь Рождества Богородицы, но храмовая икона трижды переходила из церкви на пустынное место; усматривая в том Божий Промысл, Григорий поведал об этом Патриарху Иову, который благословил перенести храм в лес.

Церковь была разорена в Смутное время; но в 1640 г. на поляне рядом с храмом поселился благочестивый старец Иларион, к которому постепенно собрались ученики. Пришел к Илариону и старец Лукиан, который усерднее других трудился над устроением монастыря и тем прославился, так что обитель стали называть его именем. Впоследствии старца Лукиана причислили к лику святых. В XVII в. монастырю покровительствовал царь Феодор Алексеевич, жаловал ее вкладами.

В истории Лукиановой пустыни не было громких событий. В начале XX в. она числилась заштатной общежительной.
Архитектурный ансамбль пустыни сложился в XVII - нач. XVIII вв. Храмы: Рождественский собор (1712 г.); Богоявленская церковь с трапезной (XVII в.); Екатерининская больничная церковь (1712 г.). Постройки: кельи (XVII—XVIII вв.); ограда с башнями (1712 г.); а также гостиница для паломников, кирпичный и изразцовый заводы, церковно-приходская школа. Главными святынями монастыря были мощи прп. Лукиана, почивавшие под сенью особой часовни, а также икона Рождества Богоматери, троекратно
явленная в XVI в. В престольный праздник, 8/21 сент., в монастыре устраивался торжественный крестный ход.

После 1917 г. Лукианова пустынь была закрыта.

Мужской монастырь возрожден в 1991 г.